本署資料科於民國95年3月1日設置，並將原配屬紀錄科之分案室及原配屬文書科之檔案室，改配置於資料科。

一、分案室

　　分案室主要之業務在於刑事案卷之編號、建檔及運用。

　　本署剛成立時分案室人員僅有3至4人，負責全署偵查案件的前科查詢、案件編號、資料輸入，至卷宗完成分送各股，並且負責案件偵查終結後的公告等業務。後隨著本署案件數量的增加及類型的改變，人員擴增至目前的10人，分別負責全署的偵他案件、通訊監察案件、立案審查及核退、發查案件的分案及資料的輸入等。

　　分案作業，由最早的人工作業管理，經科技發展資訊化之後由電腦管理取代，作業流程與方式也隨之有所不同。

　　在電腦化之前被告前科資料之管理，均以卡片記載以供查詢。查詢方式即以「四角號碼」來排序，一張小小的卡片，即記載被告在本署的偵查及執行案件前科紀錄。

　　資訊化後被告之前科資料，均已由電腦記錄儲存，查詢也方便迅速，如今已經很少人會使用「四角號碼」了。卡片上的刑案紀錄資料，在資訊化之後均登載入電腦。「刑案被告姓名索引卡」功成身退後，如今靜靜的窩在檔案室的角落裡，見證那一段資訊化前的歷史。

　　分案室除了產生完整的案卷、並分送各股偵辦之外，在案件終結時，並配合統計室的掛結，每日將偵查終結的內容，公告在本署的公告欄上，並上傳到本署的網頁，供民眾查閱。

二、檔案室

　　本署自70年成立後，檔案室原位於西側大樓四樓，後因空間不敷使用，於偵查大樓完工後，另擴充偵查大樓6樓為檔案室之辦公室、庫房。嗣後因本署人員增加，辦公空間不足，遂於90年3月間向通越公司租用位於臺北縣土城市金城路3段208號4樓空間，做為檔案室及檔案庫房使用，並於90年9月將偵查大樓6樓及西側大樓4樓之檔案庫房內所有檔卷全部搬遷完畢。

　　後又因案卷數量激增，原有存放檔卷之空間已不足，在98年2月經法務部移撥位在臺北縣坪林鄉之坪林政風人員訓練中心，舊有營舍一棟（信義樓1至3樓）作為本署第二檔案庫房。

　　檔案的保存在紀錄本署的各項歷史，檔案管理業務就是相當重要的一環，包括硬體的設施及人員的素質等。檔案室目前僅有人員7名，負責全署的檔案業務。

三、資料科其他業務

（一）剪報

　　每日蒐集報紙上刊登有關本署之報導，或疑涉及刑案之事件，陳請檢察長核閱。

（二）圖書閱覽

　　本署書籍閱覽室有西側大樓4樓之檢察官研究室及行政大樓2樓之圖書室。