本署主要業務職掌為追訴犯罪、指揮刑事裁判之執行，並積極推動司法保護工作，以防制犯罪、保障人民生命、財產之安全，與一般行政機關的業務性質不同，所處理的案件，卻與人民權益息息相關。近年來本署案件增加，工作負荷沈重，惟全體同仁均能克盡職責，遵照上級指示積極辦理各類案件。

在追訴犯罪方面，加強檢肅貪瀆、執行掃黑工作、嚴厲查緝毒品、全面查察賄選、從速偵辦重大刑事案件、防制兒童及少年從事性交易行為、保護智慧財產權、取締詐騙電話、電腦網路犯罪、查緝偽禁劣藥，打擊民生犯罪等。期能迅速嚴懲不法，保護被害人，維護社會安寧，提昇司法公信力，減少民怨，以贏得民眾信賴。又秉承貫徹微罪不舉之政策，加強勸導息訟，以疏減訟源；並恪守慎重聲請羈押之原則，重視保障人權。

在刑事執行方面，刑事案件依刑事訴訟法第456條之規定於裁判確定後，迅速依法指揮執行，以貫徹國家刑罰權。為求慎刑恤獄，對於短期自由刑易科罰金案件均從寬審核。另為因應98年9月1日修正刑法第41條「易服社會勞動制度」之施行，執行檢察官審核符合法定易服社會勞動之規定者，應儘可能准予易服社會勞動，避免執行短期自由刑流弊，並有效疏解監所人犯，讓社會勞動人彌補自身過失，化破壞者為提供者，使易服社會勞動人復歸社會，以達懲治與教化並濟之功效。

強化觀護及更生保護業務，依據法令，運用各種有效的輔導與監督方法，協助受保護管束人戒除不良行為，安定生活，以求自立更生，防止再犯，使誤蹈法網者得能遷善重生。此外並配合辦理社區生活營、法治宣導、愛滋病宣導及反賄選等活動，增強民眾對檢察機關之信心。

關懷弱勢，落實犯罪被害人保護，「犯罪被害人保護法」公布施行後，對於因犯罪行為被害而死亡者之遺屬、受重傷者已有周詳的補償規定。該法於98年5月27日修正第4條規定，將性侵害犯罪行為被害人所受財產及精神上損失納入犯罪被害補償範圍，本署為配合修法之施行，積極運用社會廣大資源，加強宣導教育民眾並落實執行補償審議制度。